ドアハンドルがへこんでいるというよりも、その周囲が正常な場合よりも飛び出しているということですよね。
ドアの整形なのか、取り付けなのかわかりませんが、機械の調整が雑だったために、ドアハンドルと合わなくなっているのかもしれません。
機械の調整であれば、その時に作られた車はみなドアハンドルがくぼんでしまっているのも起こりうるかなぁと。
そうであれば、次回納車分は解消している可能性は高いと思います。
TAccessories さんのドアハンドルのシートを貼るときに、厚さ1～2mmの何か (シール?) を入れるとよくなりそうな気がしてます。
TAccessories さんでそういうものを発売すると、多少は需要があるかも……。