@rockmt1201さん、それは当然ながら契約書が優先だと思います。
契約書は商品の売買にあたって、テスラ・モーターズという法人と購入者一人ひとりが対等の立場でその条件についてお互いに合意して取り決めたものです。
それに対して請求書はその契約書の内容に基づいて営業担当者（テスラの場合はアドバイザー）が個々の取引きに応じて作成するものです。
この際、営業担当者の裁量によって一部契約書の内容と異なる変更が行われることはありえますが、常識的に考えてそれは値引きやサービスの追加など商品の販売を促進する目的で購入者の利益となるものであって、購入者の不利益となる変更を一方的に強いることは考えられません。
思うに現在の状況はどこかの時点で契約書の内容が変更され注文料を控除するという内容に変わったにもかかわらず、各アドバイザーにそのことが伝わっておらずこれまでと同様の運用を続けていることによるものだと思われます。
ですから、これはいくら担当アドバイザーに訴えても適正化されないかもしれません。もう少し上位の立場にあるテスラ・モーターズ日本法人の営業本部とかそういう部署にこの事実が伝われば、当然あるべき姿に正されるのではないでしょうか。
私自身はまだ請求書をもらっていないので動きようがないのですが、もし発行された請求者に控除の記載がなければそのときはぜひきちんと正していきたいと考えています。