自然放電以外にも、バッテリーを健全に保つためのバッテリー管理システム (BMS) が動作していますので、BMS 自体も微量ながら電気を使いますし、バッテリーを温めたり冷やしたりした場合にはそのための電気も使います。
そのほかにも、車両はキーフォブやスマホキーからの通信を待ち受けているわけなので、その電気も使います。(もしかしたら補機バッテリーかもしれませんが)
また、電池残量を正確に取得するのは難しいので、多少の誤差があります。充電時は 80% だったものが、しばらく放置すると 82% になっているということもあります。これは何もせずに充電されたわけではなくて、電池残量の誤差でそのように表示されているものです。