自分は、7月後半に東名川崎サービスセンターで車検をお願いしましたが、OBD変換ケーブルにS3XYボタンのコマンダー、Enkeiの9Jx19インチホイールに245/40R19タイヤ、リアカメラを自分で取り付けたドラレコ、カーボン調のナンバープレートフレーム等を付けたままお願いしましたが、特に問題なく作業して頂けました。
サービスセンターでも結構担当する人によるという話は聞いたことありますが、周りでサービスセンター入庫を断られた人は今は殆どいないのでは無いかと思います。
心配であれば、まずはサービスセンターに事前確認するといいと思います。